龙飞因那晚探查地下迷宫而感冒了，南云来照顾他，又勾起了两人以前的情愫，龙飞和南云相互倾诉这么多年来分手之后的情况。原来龙飞的父亲曾经是资本家，解放前工厂倒闭跳江自杀了，成为孤儿的龙飞参加了革命。南云听后情不自禁地告诉龙飞，自己的母亲为了保护自己被坏人抓走了，一去不复返，两人如此相似的经历使曾经分开的心又靠近了。
抽水的工人们夜以继日的工作，突然从抽出的地下水里发现了人骨头，工人们吓的四处逃散，肖克拿着骨头去做鉴定。更让人吃惊的是龙飞在档案馆的镜子上又发现了暗道机关，进去看后是防空洞的另一个入口，龙飞壮着胆子独自在地下迷宫中寻找那些人骨的出处，龙飞又发现了三具尸骨。
顺着迷宫走出一看原来是刘太太家的后门。那么刘太太和底下迷宫到底是什么关系?究竟是不是刘太太往水里放的致幻剂?刘太太和女鬼到底有没有关系?龙飞回到宿舍准备睡觉，突然灯灭了，听到异常响声。
梅花档案第6集剧情介绍龙飞循声而去发现原来是肖克和公安小刘进住了档案馆，肖克让龙飞保密他们入住的秘密。南云来到龙飞的宿舍俩人一起做饭吃，天黑了龙飞送南云离开，南云突然看见一个白衣人影闪过。龙飞、肖克以为刘太太死了水就没问题了，于是毫无防备地喝了水，二人又有不同程度的迷糊。恍惚间那个影子又出现，并且走入地下迷宫，像是寻找什么东西。龙飞和肖克全力追赶，却敌不过药力发作。南云和回去后想起那个闪过的人影，睡不塌实，就返回来找龙飞。
看到肖克藏起来的枪，顺势拿起赶到迷宫，对女鬼连开数枪，同时自己也受了伤。龙飞和南云再一次经历了生与死的考验，心灵再一次相交，他们决定结婚。公安局派人进一步调查迷宫，肖克和龙飞终于在地下迷宫的墙上找到一个密室。发现了一本相册和一个装着一张纸的玻璃瓶。龙飞急不可待地打开那张纸，上面是梅花和人名，但是没等看清，纸便自燃了。龙飞吓得不敢动其他东西，原封带给技术部门。
相册中有十二张照片，照片上都是年轻男人，玻璃瓶中能装过什么药水，但是已经挥发开净了，法医告诉肖克是因为那个小瓶上有磷粉，所以那张纸都会自燃。不过可以肯定，这密室里找到的东西很可能使一起重大案件初露端倪，而所有的线索终于开始有了一个清晰的走向。肖克认为女鬼就是特务，是白敬斋留下的人来找重要的东西。
梅花档案第7集剧情介绍“女鬼”叫庄美美，她的丈夫叫夏文亭，在一家保密单位工作，似乎这是一个大案子。经过调查发现那十二个照片上的男人是白敬斋留下的特务组织成员，这个组织叫梅花组织。肖克他们找到了夏文亭，夏文亭对妻子的死很悲伤，虽然很爱庄美美，但却并不了解她。
夏文亭告诉他自己是工程师，父亲是大学教授，他和父亲是解放的时候国外回来参加新中国建设的，参加了雷达站的设计。这次设计对外严格保密，地方公安部门一概不知。庄美美和夏文亭闪电结婚嫁入夏家，她的动机不一定是爱情。但是他们父子是否被发展成特务了呢?不得而知。于是“梅花案件”特别专案小级成立了，公安局决定监视夏家父子。
夏老先生十分通情达理非常配合公安人员的监视工作，而夏文亭非常不满与公安战士大吵大闹。馆长在档案馆找了间空房间作为龙飞和南云的结婚新房。他们开始准备操办婚姻大事。肖克得知龙飞和南云结婚的事，心里有点惆怅。龙飞和南云坐车买结婚物品的时候突然听到售票员报站名“清泥洼路到了”，这句话点醒了龙飞，他想起了那张自燃的纸条上的“清泥洼路”字样，于是他给清泥洼路上的每一位住户都发了一封信。
火葬厂方面传来了坏消息，说庄美美的尸体没经过同意就被火化处理了。肖克急了，赶到火葬厂火化工却说人已经被烧了。但是医学院解剖室却有人报案说多了一具女尸。肖克找到医学院解剖室的教师向学一，吃惊地发现那具多出来的女尸竟然就是庄美美!
梅花档案第8集剧情介绍肖克对庄美美的尸体来历进行了细致调查，尸体是怎么到了解剖室的?疑点集中到了向学一身上，为什么这个尸体被运来运去，难道尸体里有什么有价值的东西?突然有人报告向学一去了火葬厂，肖克决定加强对向学一和解剖室的监控。龙飞不断地收到清泥洼路的退信，同事对他的行踪感到奇怪。叶蕾毕业了分配到肖克的身边工作。
第一次任务就是跟肖克一起到医学院查看庄美美的尸体，可是她只看了一眼弹痕累累的尸体就被吓的晕了过去。她心里十分羞愧，父亲却鼓励她给她勇气和信心。龙飞总是早出晚归，一心一意准备结婚的南云几次和他相约却扑了空，心里很不高兴，隐隐约约地觉得他们两人之间出了问题，龙飞安慰她并兴致勃勃地计划婚礼的内容。
在公共汽车上，龙飞邂逅了护士梅香。龙飞去找她看病，梅香护士对他百般暧昧。因为上次的晕倒，叶蕾很不好意思，于是她自报奋勇地去医学院解剖室蹲点，监视向学一。但她心里却打起了鼓。晚上实在害怕，于是找龙飞帮忙陪她壮胆，龙飞答应了。
